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COVID-19 : taille, image réelle

COVID-19 : taille, image réelle


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Je suis ingénieur en électronique. Je réfléchissais à la façon de détecter la présence de COVID-19 :

  1. Obtenez l'échantillon.

  2. Incrémenter l'image/l'échantillon (j'ai besoin de la taille réelle pour déterminer l'incrément/l'agrandissement)

  3. Traitement d'image numérique - détectez la présence à l'aide de l'intelligence artificielle ou de la reconnaissance.

Quelle est la taille approximative de COVID-19 ? Existe-t-il une vraie image du COVID-19 ?


Le 2019-nCoV possède également des virions enveloppés qui mesurent environ 50 à 200 nm de diamètre avec un seul génome à ARN de sens positif.

  • Caractéristiques épidémiologiques et cliniques de 99 cas de pneumonie à nouveau coronavirus 2019 à Wuhan, Chine : une étude descriptive, The Lancet (2020)

Le coronavirus dévoilé

En février, alors que le nouveau coronavirus balayait la Chine et fermait des villes entières, un scientifique nommé Sai Li a entrepris de peindre son portrait.

À l'époque, les meilleures photos que l'on avait réussi à prendre étaient des images à basse résolution, dans lesquelles le virus ressemblait à une tache à peine perceptible.

Le Dr Li, biologiste structural à l'Université Tsinghua de Pékin, s'est associé à des virologues qui élevaient le virus dans un laboratoire de biosécurité de la ville de Hangzhou. Ces chercheurs ont aspergé les virus de produits chimiques pour les rendre inoffensifs, puis les ont envoyés au Dr Li.

Le Dr Li et ses collègues ont ensuite concentré le liquide chargé de virus d'un quart à une seule goutte. Il ne pouvait qu'espérer qu'ils avaient tout fait correctement, de sorte que les semaines de travail pour produire cette goutte n'auraient pas été un gaspillage.

« À l'époque, vous ne savez pas ce qu'il y a à l'intérieur », a déclaré le Dr Li. "C'est juste liquide, non ?"


Dans ce cas, nous vivrons toujours avec COVID-19 mais un type modifié de celui-ci ?

Personnellement, je pense que c'est très probable.

Dans ce cas, il est susceptible de devenir plus ou moins sévère?

C'est difficile à prévoir. Je suis spécialiste du VIH et nous nous penchons sur le VIH depuis 30 ou 40 ans maintenant. Il est difficile de dire s'il est plus ou moins sévère qu'il ne l'était il y a 30 ans. Le « problème » (d'un point de vue évolutif) est que nous avons un traitement contre le VIH, donc, fort heureusement, cette évolution naturelle ne se produit plus.

La même chose pourrait arriver avec le coronavirus : le traitement ou le vaccin deviendra disponible et nous ne verrons jamais cette évolution naturelle. Les virus, en particulier de ces types, ont tendance à être très inventifs et ils s'adaptent. Ce virus est nouveau pour la population humaine mais est identique à 96 % à un virus transmis au sein des chauves-souris. C'est très proche – avec le VIH, vous avez une variation de 20 %, donc un type de VIH ne peut être qu'à 80 % identique à un autre.

Est-ce une bonne ou une mauvaise nouvelle pour nous ?

Ce virus a existé et a changé à un moment donné – cette différence de 4% est importante, car cela signifie que le virus a commencé à infecter les gens. La même chose s'est produite il y a 100 ans avec le virus de l'immunodéficience simienne, l'analogue du VIH pour les singes, qui est passé des singes aux humains. Maintenant, c'est un virus humain.

Ce COVID est maintenant aussi un virus humain et se propagera dans la population humaine. Si nous ne l'arrêtons pas avec les technologies modernes, comme un vaccin, il restera avec les humains pendant des centaines d'années.

Les États-Unis ont déjà annoncé le test d'un vaccin. Combien de temps cela devrait-il prendre?

Il y a beaucoup de technologies disponibles, différentes plates-formes à utiliser, mais au final, vous ne pouvez pas prédire [combien de temps cela prendra]. Prenez l'histoire de l'hépatite : dans les années 1980, le premier vaccin a été développé contre l'hépatite B, il existe maintenant un vaccin contre l'hépatite A, mais l'hépatite C n'a pas de vaccin. De plus, le VIH n'a pas de vaccin - et nous le cherchons depuis 30 ans.

Le problème, c'est qu'il existe des virus animaux liés aux coronavirus (le coronavirus entérique félin, par exemple), où le vaccin s'est avéré dangereux : les chats vaccinés ont contracté une infection encore plus grave.

Le danger est que des personnes ou des entreprises et des universitaires se précipitent dans des essais de vaccins sans prendre de précautions et des accidents peuvent se produire. Mais encore une fois, nous ne pouvons pas prédire – cela pourrait être aussi simple que le vaccin contre la rougeole. Moi, avec vous et tout le monde sur terre, je l'espère.

Si cela semble aussi difficile que de produire un vaccin contre le VIH, quel est le scénario le plus probable ?

Eh bien, je ne suis pas si pessimiste que ça, je connais très bien le VIH et je sais pourquoi c'est si difficile. Ce virus COVID est étroitement lié au virus du SRAS - jusqu'à 95% - donc peut-être que la possibilité pour le virus de changer (c'est "l'espace génétique") n'est pas si grande. Les tests in vitro suggèrent que les anticorps contre le SRAS pourraient neutraliser ce virus, alors peut-être que tout ira bien, peut-être que dans six mois, nous aurons une perspective réaliste sur un vaccin. Mais, comme je viens de l'expliquer, il y a des risques dont il faut tenir compte.

Nous vivrons tous entre espoir et peur pendant un certain temps. En fin de compte, l'humanité surmontera également ce défi - mais nous en paierons le prix.


Résumé de l'auteur

Le Covid-19 a plongé la communauté scientifique internationale dans l'œil d'une tempête. La collaboration entre les chercheurs, les agents de santé publique et les politiciens est essentielle pour relever ce défi. L'une des pièces du puzzle est l'analyse des tendances épidémiologiques afin que la situation actuelle et future immédiate puisse être soigneusement évaluée. Pour cette raison, nous avons utilisé une fonction croissante générique quotidienne pour décrire les cas cumulés de Covid-19 dans plusieurs pays et régions du monde, et en particulier les pays européens lors de l'épidémie de Covid-19. Notre modèle est complètement empirique, ce qui signifie qu'il repose uniquement sur la mise à jour quotidienne des données de nouveaux cas et ne nécessite pas d'hypothèses pour faire des prédictions. Dans ce manuscrit, nous détaillons les méthodes employées et le degré de confiance que nous avons obtenu au cours de ce processus. Nous obtenons des prédictions avec un succès supérieur à 90 %, ce qui signifie qu'environ 90 % de la valeur des cas signalés se situent dans les intervalles de prédiction. Cela peut être utilisé pour d'autres chercheurs collaborant avec et conseillant des établissements de santé du monde entier pendant l'épidémie de Covid-19 ou toute autre épidémie qui suit le même schéma. Nous espérons que cela pourra aider à faciliter les décisions politiques, la révision des mesures de confinement en place et l'élaboration de nouveaux protocoles.

Citation: Català M, Alonso S, Alvarez-Lacalle E, López D, Cardona P-J, Prats C (2020) Modèle empirique pour la prédiction à court terme de la propagation du COVID-19. PLoS Comput Biol 16(12) : e1008431. https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1008431

Éditeur: Benjamin Muir Althouse, Institut de modélisation des maladies, ÉTATS-UNIS

A reçu: 8 mai 2020 Accepté: 9 octobre 2020 Publié : 9 décembre 2020

Droits d'auteur: © 2020 Català et al. Il s'agit d'un article en libre accès distribué selon les termes de la licence d'attribution Creative Commons, qui permet une utilisation, une distribution et une reproduction sans restriction sur tout support, à condition que l'auteur et la source d'origine soient crédités.

Disponibilité des données: Les données utilisées ont été publiées quotidiennement par l'OMS et le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC) et sont disponibles à l'adresse https://github.com/catalamarti/Gompertz_Catala2020/blob/main/Data_ECDC.xlsx.

Le financement: CP, PJC et MC ont reçu un financement de la Fondation La Caixa (ID 100010434), en vertu de l'accord LCF/PR/GN17/50300003 PJC a reçu un financement de Agència de Gestió d'Ajuts Universitaris i de Recerca (AGAUR), Grup Unitat de Tuberculosi Experimental, 2017 -SGR-500 CP, DL, SA, MC a reçu un financement du Ministerio de Ciencia, Innovación y Universidades et FEDER, avec le projet PGC2018-095456-B-I00. Ce travail a également été partiellement financé par la Commission européenne - Direction générale des réseaux de communication, du contenu et de la technologie à travers le contrat LC-01485746 au CP. Les bailleurs de fonds n'ont joué aucun rôle dans la conception de l'étude, la collecte et l'analyse des données, la décision de publier ou la préparation du manuscrit.

Intérêts concurrents : Les auteurs ont déclaré qu'ils n'existaient pas de conflit d'intérêts.


Nouveau coronavirus SARS-CoV-2 sous le microscope

Le National Institute of Allergy and Infectious Diseases Rocky Mountain Laboratories (NIAID-RML), situé à Hamilton, dans le Montana, a pu capturer des images du nouveau coronavirus (SARS-CoV-2, auparavant connu sous le nom de 2019-nCoV) sur son microscope électronique à balayage. et les microscopes électroniques à transmission. Le SRAS-CoV-2 provoque la maladie COVID-19 qui a entraîné une pandémie mondiale.

Cette image au microscope électronique à balayage montre le SARS-CoV-2 émergeant (les objets ronds en or) de la surface de cellules cultivées en laboratoire. Le SRAS-CoV-2 est le virus qui cause le COVID-19. Le virus montré a été isolé d'un patient aux États-Unis. Crédit : NIAID-RML.

Il s'agit d'une micrographie des particules du virus SARS-CoV-2 qui ont été isolées d'un patient. L'image a été capturée au microscope électronique à transmission et rehaussée de couleurs au NIAID Integrated Research Facility (IRF) à Fort Detrick, Maryland.

Il s'agit d'une micrographie électronique à transmission de particules de virus SARS-CoV-2, isolées d'un patient. L'image a été capturée à l'aide d'un microscope électronique à transmission et rehaussée de couleurs au NIAID Integrated Research Facility (IRF) à Fort Detrick, Maryland.

Cette image capturée avec un microscope électronique à balayage montre le SARS-CoV-2 (les objets ronds magenta) émergeant de la surface des cellules cultivées en laboratoire. Le SRAS-CoV-2 est le virus qui cause le COVID-19. Le virus montré a été isolé d'un patient aux États-Unis. Crédit : NIAID-RML.

Cette image au microscope électronique à transmission montre le SRAS-CoV-2, le virus qui cause le COVID-19 isolé d'un patient aux États-Unis. Des particules virales émergent de la surface des cellules cultivées en laboratoire. Les pointes sur le bord extérieur des particules virales donnent aux coronavirus leur nom, en forme de couronne. Crédit : NIAID-RML.

Cette image au microscope électronique à balayage montre le SARS-CoV-2 (en jaune), le virus qui cause le COVID-19 isolé d'un patient aux États-Unis, émergeant de la surface de cellules (bleues et roses) cultivées en laboratoire. Crédit : NIAID-RML.

Un microscope électronique à transmission a été utilisé pour capturer des particules de virus SARS-CoV-2 isolées d'un patient. L'image a été capturée et rehaussée de couleurs au NIAID Integrated Research Facility (IRF) à Fort Detrick, Maryland.

Cette image au microscope électronique à balayage montre le SARS-CoV-2 (en jaune), également connu sous le nom de 2019-nCoV, le virus qui cause le COVID-19 isolé d'un patient aux États-Unis, émergeant de la surface de cellules (roses) cultivées dans le labo. Crédit : NIAID-RML.

Il s'agit d'une micrographie électronique à transmission de particules de virus SARS-CoV-2, isolées d'un patient. L'image a été capturée et rehaussée de couleurs au NIAID Integrated Research Facility (IRF) à Fort Detrick, Maryland.

Cette image au microscope électronique à balayage montre le SARS-CoV-2 (les objets bleus ronds) émergeant de la surface des cellules cultivées en laboratoire. Le SRAS-CoV-2 est le virus qui cause le COVID-19. Le virus montré a été isolé d'un patient aux États-Unis. Crédit : NIAID-RML.

Cette image au microscope électronique à transmission montre le SRAS-CoV-2, le virus qui cause le COVID-19 isolé d'un patient aux États-Unis. Des particules virales émergent de la surface des cellules cultivées en laboratoire. Les pointes sur le bord extérieur des particules virales donnent aux coronavirus leur nom, en forme de couronne. Crédit : NIAID-RML.

Cette image au microscope électronique à balayage montre le SARS-CoV-2 (en orange), le virus qui cause le COVID-19 isolé d'un patient aux États-Unis émergeant de la surface de cellules (vertes) cultivées en laboratoire. Crédit : NIAID-RML.

Comment puis-je voir COVID-19 au microscope?

Le nouveau coronavirus (SARS-CoV-2) provoque la maladie COVID-19 et peut être observé au microscope électronique à balayage ou au microscope électronique à transmission. Les virus ne peuvent pas être visualisés sous des microscopes à lumière composite standard.

Qu'est-ce qu'un microscope électronique à balayage ?

Un microscope électronique à balayage (MEB) balaye un échantillon avec un faisceau d'électrons focalisé et acquiert des images contenant des informations sur la topographie et la composition des échantillons. Les microscopes électroniques à balayage sont largement utilisés dans les nanotechnologies, la recherche sur les matériaux, les sciences de la vie, les semi-conducteurs, les matières premières et l'industrie.

Qu'est-ce qu'un microscope électronique à transmission ?

Un microscope électronique à transmission (MET) utilise des faisceaux d'électrons transmis à travers un échantillon pour former une image. L'échantillon est généralement une section ultra-mince de moins de 100 nm d'épaisseur. L'image est agrandie et focalisée sur un dispositif d'imagerie tel qu'une couche de film photographique.

Les microscopes électroniques à transmission sont capables d'imager à une résolution nettement plus élevée que les microscopes optiques, en raison de la longueur d'onde plus petite des électrons de de Broglie. Cela permet au MET de capturer des détails fins, même aussi petits qu'une seule colonne d'atomes, qui est des milliers de fois plus petite qu'un objet résoluble vu dans un microscope optique.

Les microscopes électroniques à transmission sont utilisés dans la recherche sur le cancer, la virologie, la science des matériaux, la nanotechnologie, la paléontologie et la recherche sur les semi-conducteurs.

Des questions sur les microscopes ?

Si vous avez des questions concernant les microscopes électroniques à balayage, les microscopes électroniques à transmission ou les microscopes optiques simples, contactez Microscope World et nous serons heureux de vous aider.


Y a-t-il d'autres façons dont COVID-19 pourrait se propager?

Une voie alternative proposée par le SARS-CoV-2 pour atteindre un nouvel hôte est la transmission fécale-orale, qui aurait joué un rôle dans la propagation du SRAS. À Hong Kong, par exemple, « il y a eu une énorme épidémie [de SRAS] due à une personne infectée qui vivait au sommet d'un immeuble dont les eaux usées ont provoqué un blocage », explique Heymann. On pense que le blocage a par la suite contaminé les zones de baignade des personnes vivant aux étages inférieurs, entraînant de nombreux nouveaux cas.

Un changement de mode de transmission est un gros problème pour un virus. C'est un peu comme faire pousser un bras supplémentaire pour nous, ou un autre œil.

Des rapports récents sur une situation similaire avec COVID-19, dans laquelle des personnes à différents étages d'un immeuble d'appartements à Hong Kong ont été diagnostiquées avec la maladie, ont fait craindre qu'une transmission fécale-orale ne se produise pour le SRAS-CoV-2. Quelques études de chercheurs en Chine ont également récemment documenté l'ARN viral dans les selles de personnes infectées.

À elles seules, ces observations ne montrent pas que le COVID-19 se transmet par les selles. L'ARN viral peut souvent être présent sans que le virus ne soit infectieux, dit Heymann.

Il y a quelques semaines, quelques agences de presse ont également signalé des inquiétudes concernant la transmission verticale (dans laquelle une mère transmet le virus à son fœtus ou à son nouveau-né) après qu'une femme de Wuhan atteinte de COVID-19 a donné naissance à un bébé qui a ensuite été diagnostiqué avec la maladie. . Certains virus se transmettent verticalement : le virus Zika, par exemple, peut infecter un fœtus via le placenta, tandis que le VIH peut être transmis par le lait maternel.

Les nouveau-nés diagnostiqués avec COVID-19 sont plus susceptibles d'avoir attrapé la maladie par les moyens habituels, c'est-à-dire par contact étroit et échange de gouttelettes respiratoires porteuses de virus, explique Mackay. "Il semble y avoir des indications assez bonnes que ces infections ont été contractées à la naissance, plutôt qu'in utero, car il y avait des personnes infectées comme une mère ou une nounou qui étaient à proximité."

Une étude récente portant sur neuf femmes enceintes atteintes de COVID-19 n'a pas réussi à trouver de preuve de transmission verticale. Dans un article publié en La Lancette, les chercheurs ont rapporté que, dans les neuf cas, le liquide amniotique, le sang de cordon, le lait maternel et les nouveau-nés étaient négatifs pour le virus. "Les résultats de ce petit groupe de cas suggèrent qu'il n'y a actuellement aucune preuve d'infection intra-utérine causée par la transmission verticale chez les femmes qui développent une pneumonie COVID-19 en fin de grossesse", concluent les auteurs dans leur article.

Un autre mode potentiel de propagation virale, la transmission aéroportée, a été discuté par un responsable de Shanghai début février. Lorsqu'il est en suspension dans l'air, le virus infectieux peut dériver dans l'air sous forme d'aérosol. Dans cette forme de transmission, « de très petites gouttelettes qui sortent de notre bouche évaporent très rapidement l'eau, et nous nous retrouvons avec une sorte de gel. . . cela forme un peu un environnement protecteur pour que ces virions survivent plus longtemps », explique Mackay. Ceci est distinct de la propagation du virus par gouttelettes.

Les virus tels que la rougeole qui se transmettent par voie aérienne peuvent se propager plus loin que les virus transmis par les gouttelettes respiratoires. Mais Mackay dit qu'il n'y a aucune preuve suggérant que le SRAS-CoV-2 se propage par transmission aéroportée. Dans les 24 heures suivant les commentaires du responsable de Shanghai, le Centre chinois de contrôle et de prévention des maladies avait publié une déclaration soulignant qu'il n'y avait aucune indication que le SRAS-CoV-2 se propage de cette manière.

Il est possible, bien que peu probable pour le moment, que le SARS-CoV-2 adopte un nouveau mode de transmission au fur et à mesure de son évolution, dit Mackay. « Un changement de mode de transmission est un gros problème pour un virus », dit-il. "C'est un peu comme se faire pousser un bras supplémentaire ou un autre œil."

Compte tenu de la facilité avec laquelle il se propage actuellement via les gouttelettes respiratoires, ajoute-t-il, « pour le moment, je ne pense pas que le virus ait vraiment besoin de s'adapter trop davantage à sa capacité à se transmettre d'humain à humain. Il fait du très bon travail en ce moment. »


De nouvelles images du nouveau coronavirus SARS-CoV-2 maintenant disponibles

Cette image au microscope électronique à balayage montre le SARS-CoV-2 (jaune) - également connu sous le nom de 2019-nCoV, le virus qui cause le COVID-19 - isolé d'un patient aux États-Unis, émergeant de la surface de cellules (bleues/roses) cultivées dans le laboratoire.

Cette image au microscope électronique à balayage montre le SARS-CoV-2 (jaune) - également connu sous le nom de 2019-nCoV, le virus qui cause le COVID-19 - isolé d'un patient aux États-Unis, émergeant de la surface de cellules (bleues/roses) cultivées dans le laboratoire.

Les laboratoires Rocky Mountain (RML) du NIAID à Hamilton, dans le Montana, ont produit des images du nouveau coronavirus (SARS-CoV-2, auparavant connu sous le nom de 2019-nCoV) sur ses microscopes électroniques à balayage et à transmission le mardi 11 février 2020. SRAS- Le CoV-2 provoque la maladie COVID-19, qui est devenue une urgence mondiale de santé publique depuis que des cas ont été détectés pour la première fois à Wuhan, en Chine, en décembre 2019. L'enquêteur de RML, Emmie de Wit, Ph.D., a fourni les échantillons de virus dans le cadre de ses études, la microscopiste Elizabeth Fischer a produit les images, et le bureau des arts visuels médicaux de RML a colorié numériquement les images.

Notez que les images ne sont pas très différentes du MERS-CoV (coronavirus du syndrome respiratoire du Moyen-Orient, apparu en 2012) ou du SRAS-CoV original (coronavirus du syndrome respiratoire aigu sévère, apparu en 2002). Ce n'est pas surprenant : les pointes à la surface des coronavirus donnent à cette famille de virus son nom – corona, qui signifie en latin « couronne », et la plupart des coronavirus auront une apparence semblable à une couronne.

Ces images sont disponibles au public en téléchargement gratuit en haute résolution sur la page Flickr du NIAID. Le NIAID demande à tous ceux qui utilisent les images de créditer le NIAID-RML, sauf indication contraire dans la description de l'image Flickr.


La structure du virus COVID-19 fait allusion à la clé d'un taux d'infection élevé

Une étude de Cornell sur la structure du SARS-CoV-2, le virus qui cause le COVID-19, révèle une caractéristique unique qui pourrait expliquer pourquoi il est si transmissible entre les personnes. Le groupe Cornell note également qu'à part les primates, les chats, les furets et les visons sont les espèces animales apparemment les plus sensibles au virus humain.

Gary Whittaker, professeur de virologie au College of Veterinary Medicine, est l'auteur principal de "Phylogenetic Analysis and Structural Modeling of SARS-CoV-2 Spike Protein Reveals an Evolutionary Distinct and Proteolytically Sensitive Activation Loop", publié le 19 avril dans le Journal of Biologie moléculaire.

L'étude identifie une boucle structurelle dans la protéine de pointe SARS-CoV-2, la zone du virus qui facilite l'entrée dans une cellule, et une séquence de quatre acides aminés dans cette boucle qui est différente des autres coronavirus humains connus dans cette lignée virale .

Une analyse de la lignée du SARS-CoV-2 a montré qu'il partage les propriétés du SARS-CoV-1 étroitement lié, qui est apparu pour la première fois chez l'homme en 2003 et est mortel mais pas très contagieux, et HCoV-HKU1, un virus hautement transmissible mais relativement coronavirus humain bénin. Le SARS-CoV-2 est à la fois hautement transmissible et mortel.

"Il a cette étrange combinaison des deux propriétés", a déclaré Whittaker, notant que les chercheurs se concentrent sur une étude plus approfondie de cette boucle structurelle et de la séquence de quatre acides aminés. "La prédiction est que cette boucle est très importante pour la transmissibilité ou la stabilité, ou les deux."

D'autres recherches récentes ont identifié une chauve-souris en Chine qui portait un coronavirus avec une boucle similaire mais une séquence d'acides aminés différente, ce qui ajoute une autre piste pour une enquête future, a déclaré Whittaker.

Les chercheurs ont également comparé le modèle structurel du SARS-CoV-2 avec ceux des coronavirus trouvés chez d'autres animaux et ont confirmé que le SARS-CoV-2 provenait des chauves-souris. Il avait été suggéré que le virus pouvait avoir traversé les pangolins (un fourmilier écailleux), mais les comparaisons des séquences et des structures virales n'ont trouvé aucune preuve de cela, selon l'étude.

"Comment [SARS-CoV-2] est entré chez l'homme n'est toujours pas clair", a déclaré Whittaker.

Une séquence génétique nouvellement identifiée dans le SRAS-CoV-2 indique la possibilité d'un hôte intermédiaire inconnu, a-t-il déclaré.

Les chats, les furets et les visons sont également sensibles : pour infecter une cellule, les caractéristiques de la protéine de pointe doivent se lier à un récepteur à la surface de la cellule hôte, et les chats ont un site de liaison au récepteur qui correspond étroitement à celui des humains. À ce jour, les infections chez les chats semblent être bénignes et peu fréquentes, et il n'y a aucune preuve que les chats puissent, à leur tour, infecter les humains.

Whittaker a ajouté que les enquêtes sur les coronavirus félins pourraient fournir des indices supplémentaires sur le SRAS-CoV-2 et les coronavirus en général.

"Nous gardons l'esprit ouvert pour voir si des choses similaires peuvent se produire chez les chats qui se produisent déjà chez les humains", a-t-il déclaré.

Javier James, chercheur postdoctoral au laboratoire de Whittaker, est le premier auteur de l'étude. Le travail est soutenu par les National Institutes of Health.


Résumé de l'auteur

La société et les médias alternent entre espoir et désespoir en réponse à la diminution ou à l'augmentation temporaire des nouvelles infections quotidiennes au COVID-19. Le nombre de cas dépend des mesures politiques adoptées dans chaque pays. En conséquence, il existe une forte demande de quantification des effets des mesures individuelles. Le nombre de reproduction, défini comme le nombre moyen de cas directement causés par un seul cas infecté, est l'un des indices de l'état actuel de l'infectiosité. Pour capturer correctement le nombre de reproduction variant dans le temps, il est nécessaire d'intégrer la distribution des retards, qui sont largement dispersés de 2 à 14 jours pour le cas du COVID-19. Nous avons développé une méthode d'espace d'état pour estimer le nombre de reproduction uniquement à partir d'un ensemble de données disponibles sur le nombre de cas quotidiens. Notre méthode détecte automatiquement les points de changement dans le numéro de reproduction. Nous appliquons notre méthode aux données réelles et examinons si les changements détectés sont cohérents avec les moments auxquels des mesures politiques avaient été prises dans chaque pays. De plus, notre méthode peut être utilisée pour prédire le nombre de nouveaux cas à l'avenir afin d'examiner les conséquences possibles de mesures politiques alternatives.

Citation: Koyama S, Horie T, Shinomoto S (2021) Estimation du nombre de reproduction variable dans le temps de COVID-19 avec une méthode d'espace d'état. PLoS Comput Biol 17(1) : e1008679. https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1008679

Éditeur: Roger Dimitri Kouyos, Université de Zurich, SUISSE

A reçu: 21 août 2020 Accepté: 6 janvier 2021 Publié : 29 janvier 2021

Droits d'auteur: © 2021 Koyama et al. Il s'agit d'un article en libre accès distribué selon les termes de la licence d'attribution Creative Commons, qui permet une utilisation, une distribution et une reproduction sans restriction sur tout support, à condition que l'auteur et la source d'origine soient crédités.

Disponibilité des données: Le programme d'application et des exemples d'ensembles de données sont disponibles sur notre site Web https://s-shinomoto.com/COVID/ et sur le site hébergé publiquement sur GitHub, accessible via https://github.com/shigerushinomoto.

Le financement: Ce travail a été financé par la New Energy and Industrial Technology Development Organization (NEDO) (au SS). Les bailleurs de fonds n'ont joué aucun rôle dans la conception de l'étude, la collecte et l'analyse des données, la décision de publier ou la préparation du manuscrit.

Intérêts concurrents : Les auteurs ont déclaré qu'ils n'existaient pas de conflit d'intérêts.


Architecture moléculaire du virus SARS-CoV-2

Le SARS-CoV-2 est un virus enveloppé responsable de la pandémie de COVID-19. Malgré les progrès récents dans l'élucidation structurelle des protéines du SRAS-CoV-2, l'architecture détaillée du virus intact reste à dévoiler. Nous rapportons ici l'assemblage moléculaire de l'authentique virus SARS-CoV-2 à l'aide de la tomographie cryoélectronique (cryo-ET) et de la moyenne du sous-tomogramme (STA). Les structures natives des protéines S dans les conformations pré- et postfusion ont été déterminées à des résolutions moyennes de 8,7-11 Å. Les compositions des glycanes N-liés des pointes natives ont été analysées par spectrométrie de masse, qui a révélé des états de traitement globaux des glycanes natifs très similaires à ceux des glycoprotéines glycanes recombinantes. La conformation native des ribonucléoprotéines (RNP) et leurs assemblages d'ordre supérieur ont été révélés. Dans l'ensemble, ces caractérisations ont révélé l'architecture du virus du SRAS-CoV-2 avec des détails exceptionnels et ont mis en lumière la façon dont le virus emballe son ARN à segment unique de 30 kb de long dans la lumière de 80 nm de diamètre.

Mots clés: Sous-tomogramme de glycoprotéine de pointe de ribonucléoprotéine de tomographie cryo-électronique du coronavirus SARS-CoV-2 faisant la moyenne de la structure du virus d'assemblage de virus.


Différence entre COVID-19 et la grippe amp

La grippe (grippe) et la COVID-19 sont toutes deux des maladies respiratoires contagieuses, mais elles sont causées par des virus différents. Le COVID-19 est causé par une infection par un nouveau coronavirus (appelé SARS-CoV-2), et la grippe est causée par une infection par des virus grippaux.

Le COVID-19 semble se propager plus facilement que la grippe et provoque des maladies plus graves chez certaines personnes. Cela peut également prendre plus de temps avant que les gens présentent des symptômes et les gens peuvent être contagieux plus longtemps. Plus d'informations sur les différences entre la grippe et le COVID-19 sont disponibles dans les différentes sections ci-dessous.

Étant donné que certains des symptômes de la grippe et du COVID-19 sont similaires, il peut être difficile de faire la différence entre eux en fonction des seuls symptômes, et des tests peuvent être nécessaires pour aider à confirmer un diagnostic.

Bien que l'on en apprenne chaque jour davantage sur COVID-19 et le virus qui le provoque, il reste encore beaucoup de choses inconnues. Cette page compare COVID-19 et la grippe, compte tenu des meilleures informations disponibles à ce jour.


Voir la vidéo: В России зафиксирован новый максимум за все время пандемии - 13868 случаев COVID-19. (Juillet 2022).


Commentaires:

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